A bordo viaggiano alcuni ragazzi fra i 6 e i 12 anni che, grazie soprattutto ad una conchiglia usata come richiamo, riescono a ritrovarsi e a radunarsi sulla spiaggia. Non ci sono passeggeri adulti sopravvissuti e i ragazzi capiscono di doversela cavare da soli. Per iniziare eleggono come loro capo Ralph, il giovane che aveva trovato la conchiglia, e gli assegnano anche un consigliere, “Piggy”, un ragazzo piuttosto grassoccio e asmatico che diventerà ben presto oggetto di scherno da parte degli altri.
I problemi iniziano quasi subito: Jack, un altro giovane naufrago, avrebbe voluto essere lui al comando e Ralph, per placare la sua rabbia, gli affida il controllo di un gruppo di coristi.
Ralph propone subito che venga acceso un fuoco di segnalazione per le navi in transito e stabilisce alcune regole di comportamento generale che tutti i ragazzi devono seguire. La conchiglia, che era stato il loro richiamo, diventa poi un oggetto dal grande valore simbolico: durante le adunate, infatti, chi la tiene in mano ha diritto di parola.
Nonostante l’impegno e i buoni propositi di Ralph, agli altri ragazzi non sembra importare molto delle regole e dei compiti che vengono di volta in volta assegnati: quasi tutti, infatti, preferiscono giocare sulla spiaggia e fare il bagno. Jack, invece, si appassiona sempre di più alla caccia e si avventura all'interno dell'isola, insieme al gruppo dei coristi, alla ricerca di prede da uccidere e poi mangiare.
Tra i ragazzi affidati a Jack c’è anche il piccolo e saggio Simone, che diventerà amico di Piggy e che lo aiuterà nella costruzione delle capanne.
Ben presto la vita dei giovani si fa talmente disordinata e priva di regole da dimenticare di tenere il fuoco accesso e da non accorgersi neppure di una nave che è passata non distante dall’isola.
In più, la caduta nel bosco di un paracadutista ormai cadavere accrescerà in loro la paura della “bestia”, di un qualcosa di ignoto che “vive” e si agita nella foresta e questa irrazionalità crescente li porterà a dimenticare qualunque regola di convivenza civile.
Simone, nel frattempo, inizia a soffrire di allucinazioni e vede nel “Signore delle Mosche” (cioè una testa di maiale lasciata a marcire sulla punta di un bastone) l’incarnazione del Male, un Male che gli parla e gli rivela di essere invincibile e inarrestabile. E così sembra essere: ormai i ragazzi sono divisi in due gruppi ben distinti, quello di Jack, più numeroso e feroce, e quello capeggiato da Ralph, ormai composto solo da Piggy, Simone e dai due gemelli, Sam e Eric. Jack alla fine riesce a portare nel suo gruppo i due gemelli e fa uccidere Piggy, mentre Simone viene gettato crudelmente giù da una rupe.
Ralph fugge nella foresta e Jack dà fuoco alla vegetazione per costringerlo ad uscire allo scoperto.
Con l'isola ormai completamente in fiamme, Ralph è obbligato infatti a cercare salvezza proprio sulla spiaggia, dove arriva di corsa, trafelato e pronto a morire come i suoi amici e dove, invece, lo accoglie un ufficiale della marina inglese accorso per salvarli.
Solo in quel momento i ragazzi sembrano rendersi conto di cosa è successo e di ciò che hanno realmente fatto.